Plusieurs pathogènes peuvent toucher la culture du tournesol avec des conséquences irréversibles sur le rendement tel que le mildiou, le verticillium, le phomopsis et l’orobanche pouvant aller jusqu’à 15-20 quintaux de perte par hectare. Des mutations de races de mildiou sont aussi apparues ces dernières années, contournant les meilleures innovations génétiques actuelles.
Face à ces problématiques sanitaires, la résistance variétale, le traitement de semences et les pratiques agronomiques sont essentielles dans la gestion de ces pathogènes afin de préserver le potentiel de la parcelle.